Mystery Desert es un juego al estilo de la saga Mario & Luigi en el que los protagonistas deben investigar los desiertos de Sarasalandia luego de que hayan sido víctimas del ataque de un extraño ser y buscar la manera de deshacerse de él.
Argumento[]
La princesa Peach había sido secuestrada... Otra vez, así que Mario comenzó otra de sus aventuras. Luigi quería acompañarlo, pero Mario no tuvo tiempo de aceptar debido a que Bowser se alejaba cada vez más, así que el pobre fontanero verde se quedó con los Toads en el castillo.
Como él no tenía nada que hacer, se fue a los jardines reales y se sentó en el césped para descansar un poco... Pero unos minutos después, aparece la princesa Daisy gritando por ayuda. Ella se dirigió a los jardines reales (donde estaba Luigi), y al encontrarse con el fontanero bigotudo, ella le pidió ayuda desesperadamente... Luigi no entendía qué pasaba, hasta que apareció un extraño ser que comenzó a atacarlo. Luego de una pelea en la que parecía que Luigi estaba acabado, esa cosa misteriosamente comenzó a mirar a los lados, para luego huir corriendo de allí.

Momento en el que el ser aparece.
Luego de todo eso, la princesa Daisy se tranquilizó mucho y le explicó la situación a Luigi: Ella estaba felizmente en uno de los desiertos de Sarasalandia recogiendo algunos frutos de los cactus, hasta que de la nada apareció el ser morado y comenzó a perseguirla; ella, intentando huir, corrió por todas partes hasta que terminó en el Castillo de Peach sin darse cuenta (Al igual que la cosa que la perseguía).
Daisy tenía mucho miedo de regresar a su reino, ya que el ser habita en los desiertos, así que el fontanero, dejando de lado su cobardía (Aunque en el fondo él estaba más asustado que ella), decide investigar algunos de los desiertos de Sarasalandia por su cuenta, pero Daisy se niega a dejarlo vulnerable, así que ella lo acompaña.