Mario fue de vista al castillo de Peach para entregarle un obsequio, pero como de costumbre, Bowser aparece y secuestra a la princesa. Mario persigue a Bowser, hasta que este entra a su nuevo castillo, mucho más grande y mejorado que el anterior, y lanza todos los caparazones dorados que estaban en la puerta principal. Cada caparazón dorado está en un mundo distinto, y cada uno se debe conseguir en un orden específico, y al tenerlos a todos juntos, poder entrar al castillo y rescatar a Peach de Bowser.
También se tiene la opción de jugar con Luigi, solo que a diferencia de otros juegos, este no se debe desbloquear para jugar con él.
Personajes
Imagen
Nombre
Descripción
Mario
Él es el protagonista del juego. Sus habilidades son equilibradas, saltando a distancia normal, y con velocidad moderada.
Luigi
Él es jugable desde el comienzo del juego. A diferencia de Mario, tiene un salto de mayor distancia y es un poco más veloz.
Enemigos
Imagen
Nombre
Goomba
Koopa
Bob-Omb
Bill Bala
Boo
Lakitu
Huesitos
Hermano Martillo
Phanto
Ultra Goomba
Ítems
Imagen
Nombre
Descripción
Super Champiñón
El clásico ítem que convierte al jugar en Super Mario/Super Luigi.
Champiñón 1-UP
Da una vida extra al jugador. Suelen estar bien ocultos.
Flor de Fuego
Convierte al jugador en Mario de fuego/Luigi de fuego.
Estrella
Hace a Mario/Luigi invencible por un corto periodo de tiempo.
Curiosidades
Es uno de los pocos juegos donde Luigi no es desbloqueable.
Al igual que en otros juegos, Mario y Luigi tienen distintas cualidades.